La vaste région de la Baie-James est peuplée par les communautés autochtones qui vivent près de ses lacs et de ses rivières depuis plusieurs milliers d’années. Ce n’est que vers la fin du 16e siècle que les premiers explorateurs européens ont atteint le sol nordique. Entre 1576 et 1578, le navigateur anglais Martin Frobisher se rend jusqu’à la partie orientale du détroit d’Hudson. Succèdent à ses voyages ceux de John Davis en 1585 et de George Weymouth en 1602. Neuf ans plus tard, Henry Hudson y vient à son tour en expédition. Il y laisse sa peau sous les eaux de la baie qui portera dorénavant son nom. La baie James doit son nom, quant à elle, à l’explorateur Thomas James qui y passera un hiver lors de son expédition en 1631-1632.

De concert avec les Anglais, les Français Pierre-Esprit Radisson et Médard Chouart Des Groseilliers poursuivent les expéditions européennes. En 1670, ils participent à la fondation de la Compagnie de la baie d’Hudson qui se voit octroyer par le roi Charles II d’Angleterre la responsabilité de gouverner tout le territoire de la Baie James, alors dénommé Terre de Rupert. Jusqu’en 1764, la Compagnie de la baie d’Hudson bénéficiera d’un monopole assuré pour la traite des fourrures tout le long des côtes de la baie. Toutefois, avec l’arrivée massive de la concurrence, elle se voit contrainte à déplacer ses activités vers l’intérieur des terres. En revanche, en 1821, sa fusion avec la Compagnie du Nord-Ouest lui ouvre un territoire exclusif qui s’étend du Labrador à l’océan Pacifique.

C’est en 1868 que l’Acte de la Terre de Rupert fait de cette région un territoire canadien; il met ainsi fin aux deux cents ans de monopole de la Compagnie de la baie d’Hudson. Finalement, en 1912, le territoire de la Baie James est rattaché au Québec par deux législations visant à redéfinir les frontières de cette province.